六十甲子是用來記錄、區分時間的符號，可用來記錄年、月、日、時。由一個天干搭配一個地支所組成，從「甲子」到「癸亥」共有六十種組合方式，構成一個循環。

三元九運的理論是分成「上元」、「中元」、「下元」，每一元再分成三運，從甲子年開始計算，每一運二十年，所以上元一運從甲子年開始到三運癸亥年止共六十年，中元四運又從甲子年開始到六運癸亥年共六十年，下元七運再從甲子起，到九運癸亥止共六十年。六十甲子共循環三次，三元九運共一百八十年。

元運之說的起源已經很難去探究，為何古人要這樣計算元運，簡而言之，似乎與六十甲子紀年的規則性有關。據說最早的甲子年約在四千多年前，古人觀察到天上出現「五星連珠」即金木水火土五顆行星排成一直線的現象，也有一說是說天上出現「七政齊一」即五顆行星再加上太陽、月亮二星，排列成一直線的天文現象，於是就把該年定為第一個甲子年，也就是上元一運的開始，然後每二十年即換運。故採三元九運之說的風水家們，普遍認為三元九運的原理應與天上星辰的運行周期有關。所以，三元九運的理論是一種與星球的運行、時間的推移有密切關係的元運推算法則，又稱為「天心正運」或「天運」。

有些研究者則指出每二十年換運的原理應和土木二星交會的週期有關，因為土木二星各自以不同的週期繞著太陽運行，恰好也是每二十年交會一次。所以從第一次七政齊一之後，經過二十年，土木二星再度相逢，而元運也同時改換，之後每二十年土木二星交會而同時也更換一個運數。這個說法乍聽之下似乎頗有道理，但若仔細探究，則會發現其中有謬誤矛盾之處，與現代天文學所觀察到的現象是不符合的。

土木二星每二十年交會一次這一點雖然沒錯，但其交會之年若對照六十甲子紀年，則會發現一定是在庚辰、庚子、庚申這三個年份交會，而這三個年份均非元運改換之年。一運起於甲子年，經過二十年後，是在甲申年進入二運，再經二十年，則是在甲辰年入三運，之後又再等到下一輪的甲子年開始走四運，所以元運的替換必定在甲子、甲申、甲辰這三個年份，而此三年並非土木二星交會之年。實際上應該是說，元運更換之後要再過十六年土木二星才交會，或者說土木二星交會之後要再過四年才真正換運。